新款M6 及M5 Pro Mac mini 之中，配备256GB 储存的入门配置，储存速度仅及其他型号约一半。日本科技网站AAPL Ch 的最新基准测试显示，Apple 的SSD 在不同配置之间存在速度差异，情况与历来一样；不过新版本仍较上一代M4 型号为快。
256GB 版仅配单颗SSD
速度差异源于储存在Mac mini 内部的实体配置方式。在配备256GB 储存的型号上，机内只有一颗SSD 晶片，其余型号则有两颗。多于一颗SSD 模组可通过平行处理带来速度提升，因此只使用单一模组难免较慢，而在这个情况下，据报速度仅及其他型号约一半。
上一代M4 Mac mini 情况相同，原因亦一样。新Mac mini 更令人失望之处，是不再设有插槽式SSD，意味着即使理论上亦无法像以往般升级储存空间。
写入速度：
读取速度：
读写速度较M4 提升
不过，新版本在读取及写入256GB SSD 模组的速度均较M4 版本快。 M6 256GB 版本写入速度为3,000.2 MB/s，M4 版本为2,014.5 MB/s，即提升48.9%。读取速度方面，M6 256GB 版本为3,216.8 MB/s，高于M4 版本的2,792.5 MB/s，但改善幅度只有15.9%。
售价明显高于上一代
配备256GB 储存的M6 Mac mini 售价由899 美元起，在相同RAM 配置下，512GB 版本售价为1,099 美元。这个价格明显高于上一代，但在其他方面，新款Mac mini 整体均有明显改进。
