克劳德等人为了追赶赛菲罗斯，乘坐陆行鸟穿过湿地，看见黑衣人，似乎跟赛菲罗斯有关，所以众人决定跟上去。
秘密矿山
1. 进入秘银矿山内的矿场，沿道走可以见到黑衣人的剧情，之后分了两队，先操控克劳德等的队伍，于北矿场的资材堆放场可获得「风精手套」（蒂法武器）
2. 来到秘鲁矿场 第二层的矿车运输路径上，先把阻塞通道的矿车拉入（按L2键），继续沿道走。
3. 于秘密矿场 第二层的中央坑道尽头，因升降机坏了，所以要利用附近的矿车拉到断桥，利用它做脚踏点到第一层的中央矿场
4. 来到休息处，先休息，然后继续前走时，遇上塔克斯成员，从而战开BOSS战（弱点：风）
5. 再开的时候就是操作巴雷特队伍，记得先为巴雷特和赤红XIII整理好魔晶石和装备，以及提升技能书，然后才继续往出口进行，就在开始点可以获得「反叛项圈」（赤红XIII武器）
6. 途中可以利用巴雷特的武器来破坏矿石，拾获秘银矿石。 同时也要破坏顶部的矿石，不然无法爬到上层。
7. 来到最深部上层的东矿场，在南方的尽头，先把矿车的路轨改变（另一方路轨则可以从宝箱中获得「防弹背心」），然后再拉矿车到尽头，以它做脚踏点到秘银矿场第三层南坑道。
8. 沿道发现克劳德等人，由于他们无法前进，所以要求巴雷特帮忙，于是先梯子打下来，来来一个可休息的地方，然后拉动机关，把闸门打开，再把路轨上的大石破坏，将矿车推出外面，接着将路轨改道，把矿车推去大货柜，为克劳德等人制造通道。
9. 之后回到休息的地方，由艾莉丝协助为巴雷特打开闸门，继续前进后会展开BOSS战（弱点：雷）
10. 把BOSS打倒后五人会合，离开秘银矿山来到珠诺地区
